La fase a gironi della Coppa Uefa 2008-09 vede protagoniste 40 squadre che si affrontano in gare di andata e ritorno, al termine delle quali passeranno il turno le prime, seconde e terze classificate degli otto gruppi.
Nei sedicesimi di finale, dove inizia la fase a eliminazione diretta, a queste 24 squadre si aggiungeranno le 8 terze classificate dei gironi della Champions League.
GIRONE A
Prima giornata 23/10/2008
Schalke 04-Paris Saint Germain 3-1 (Mabiala aut. 12′, Kurányi 39′, Altintop 70′, Chantôme 92′)
Twente-Santander 1-0 (Denneboom 7′)
Seconda giornata 06/11/2008
Santander-Schalke 04 1-1 (Tchite 57′, Engelaar 61′)
Manchester City-Twente 3-2 (Wright-Phillips 2′, Elia 17′, Robinho 57′, Benjani 62′, Wielaert 65′)
Terza giornata 27/11/2008
Paris Saint Germain-Racing Santander 2-2 (5′ Kezman, 32′ Luyindula, 39′ aut. Traore, 56′ Colsa)
Schalke 04-Manchester City 0-2 (32′ Benjani, 67′ Ireland)
Quarta giornata 03/12/2008
Twente-Schalke 04 2-1 (Wielaert 2′, Perez 54′, Asamoah 77′)
Manchester City-Paris Saint Germain 0-0
Quinta giornata 18/12/2008
Racing Santander-Manchester City 3-1 (Jonathan 20′, Serrano 30′, Valera 54′, Caicedo 90′)
Paris Saint Germain-Twente 4-0 (Luyindula 8′ e 86′, Sessegnon 25′, Kezman 84′)
GIRONE B
Prima giornata 23/10/2008
Galatasaray-Olympiakos 1-0 (Kewell 25′)
Hertha Berlino-Benfica 1-1 (Di Maria 51′, Pantelic 74′)
Seconda giornata 06/11/2008
Metalist Kharkiv-Hertha Berlino 0-0
Benfica-Galatasaray 0-2 (Asik 51′, Karan 69′)
Terza giornata 27/11/2008
Galatasaray-Metalist Kharkiv 0-1 (Edmar 81′)
Olympiacos -Benfica 5-1 (Galletti 1′, Patsatzoglou 18′, Diogo 24′, Luiz 33′, Belluschi 44′, Diogo 53′)
Quarta giornata 03/12/2008
Metalist Kharkiv-Olympiakos 1-0 (Edmar 87′)
Hertha Berlino-Galatasaray 0-1 (Baroš 69′)
Quinta giornata 18/12/2008
Benfica-Metalist Kharkiv 0-1 (Rykun 84′)
Olympiakos-Hertha Berlino 4-0 (Dudu 55′, Galletti 68′ su rigore, Torossidis 87′, Diogo 88′)
GIRONE C
Prima giornata 23/10/2008
Siviglia-Stoccarda 2-0 (Romaric 15′, Renato 16′)
Partizan Belgrado-Sampdoria 1-2 (Bonazzoli 20′, Dairra 34′, Dessena 55′)
Seconda giornata 06/11/2008
Stoccarda-Partizan Belgrado 2-0 (Gómez 77′ e 80′)
Standard Liegi-Siviglia 1-0 (Mbokani 38′)
Terza giornata 27/11/2008
Partizan-Standard Liegi 0-1 (36′ Camargo)
Sampdoria-Stoccarda 1-1 (5′ Marica, 37′ Sammarco)
Quarta giornata 03/12/2008
Standard Liegi-Sampdoria 3-0 (De Camargo 23′, Onyewu 35′, Jovanovic 43′)
Siviglia-Partizan Belgrado 3-0 (Luis Fabiano 32′, Reanato 46′, Luis Fabiano 73′)
Quinta giornata 18/12/2008
Sampdoria-Siviglia 1-0 (Bottinelli 75′)
Stoccarda-Standard Liegi 3-0 (Khedira 5′, Hilbert 49′, Marica 72′)
GIRONE D
Prima giornata 23/10/2008
Udinese-Tottenham 2-0 (Di Natale 24′, Pepe 86′)
Dinamo Zagabria-NEC 3-2 (Mandžukic 3′, Carlos aut. 24′, Janssen 78′, Balaban 81′, Vrdoljak 84′)
Seconda giornata 06/11/2008
Spartak Mosca-Udinese 1-2 (Quagliarella 12′, Rodríguez 17′, Quagliarella 60′)
Tottenham-Dinamo Zagabria 4-0 (Bent 30′ e Bent 33′, Huddlestone 59′, Bent 70′)
Terza giornata 27/11/2008
Dinamo Zagabria-Spartak Mosca 0-1 (Saenko 75′)
NEC Nijmegen-Tottenham 0-1 (O’Hara 14′)
Quarta giornata 03/12/2008
Spartak Mosca-NEC Nijmegen 1-2 (Covalciuc 2′, Van Beukering 84′, Schøne 87′)
Udinese-Dinamo Zagabria 2-1 (Quagliarella 5′, Obodo78′, Biscan 93′)
Quinta giornata 18/12/2008
Tottenham-Spartak Mosca 2-2 (Dzjuba 23′ e 33′, Modric 67′ Huddlestone 74′)
NEC Nijmegen-Udinese 2-0 (John 75′, Van Beukering 78′)
GIRONE E
Prima giornata 23/10/2008
Heerenveen-Milan 1-3 (Jong-a-Pin aut. 19′, Gattuso 23′, Inzaghi 69′, Pranjic 86′)
Sporting Braga-Portsmouth 3-0 (Aguiar 8′, Rentería 46′, Alan 87′)
Seconda giornata 06/11/2008
Wolfsburg-Heerenveen 5-1 (Väyrynen 31′, Džeko 34′, Grafite 39′, Misimovic 53′, Džeko 61′, Krzynówek 71′)
Milan-Sporting Braga 1-0 (Ronaldinho 93′)
Terza giornata 27/11/2008
Portsmouth-Milan 2-2 (62′ Kaboul, 73′ Kanu, 84′ Ronaldinho, 90′ Inzaghi)
Sporting Braga-Wolfsburg 2-3 (6′ aut. Barzagli, 24′ Dzeko; 49′ Meyong, 83′ rig. Misimovic, 94′ Misimovic)
Quarta giornata 04/12/2008
Wolfsburg-Portsmouth 3-2 (Dzeko 3′, Defoe 11′, Mvuemba 14′, Gentner 23′, Misimovic 74′)
Heerenveen-Sporting Braga 1-2 (Sibon 19′, Renteria 35′, Aguiar 56′)
Quinta giornata 17/12/2008
Milan-Wolfsburg 2-2 (Ambrosini 17′, Zaccardo 55′, Pato 56′, Saglik 80′)
Portsmouth-Heerenveen 3-0 (Crouch 40′ e 42′, Hreidarsson 90′)
GIRONE F
Prima giornata 23/10/2008
MŠK Žilina-Amburgo 1-2 (Petric 16′, Olic 45′, Rilke 68′)
Aston Villa-Ajax 2-1 (Laursen 8′, Vermaelen 22′, Barry 45′)
Seconda giornata 06/11/2008
Ajax-MŠK Žilina 1-0 (Luis Suárez 41′)
Slavia Praga-Aston Villa 0-1 (Carew 26′)
Terza giornata 27/11/2008
Amburgo-Ajax 0-1 (77′ Leonardo)
Zilina-Slavia Praga 0-0
Quarta giornata 04/12/2008
Aston Villa-MŠK Žilina 1-2 (Leitner 16′, Štyvar 19′, Delfouneso 28′)
Slavia Praga-Amburgo 0-2 (Olic 30′, Petric 90′)
Quinta giornata 17/12/2008
Amburgo-Aston Villa 3-1 (Petric 18′, Olic 29′ e 56′, Delfouneso 83′)
Ajax-Slavia Praga 2-2 (Vertonghen 4′, Cerny 13′, Van der Wiel 41′ aut., Luis Suarez 91′ rig.)
GIRONE G
Prima giornata 23/10/2008
Copenhagen-Saint-Etienne 1-3 (Gomis 2′, Perrin 37′, Santin 59′, Payet 65′)
Rosenborg-Brugge 0-0
Seconda giornata 06/11/2008
Saint-Etienne-Rosenborg 3-0 (Ilan 59′, Machado 63′, Mirallas 76′)
Valencia-Copenhagen 1-1 (Morientes 61′, Santin 85′)
Terza giornata 27/11/2008
Brugge-Saint Etienne 1-1 (44′ Gigliotti, 49′ Vargas)
Rosenborg-Valencia 0-4 (21′ Mata, 76′ Hernandez, 87′ Baraja, 90′ Joaquin)
Quarta giornata 04/12/2008
Copenhagen-Rosenborg 1-1 (Iversen 32′, Antonsson 85′)
Valencia-Brugge 1-1 (Alcaráz 19′, Zigic 60′)
Quinta giornata 17/12/2008
Brugge-Copenhagen 0-1 (Santin 58′)
Saint Etienne-Valencia 2-2 (Ilan 29′, Morientes 33′, Ilan 44′, Zigic 72′)
GIRONE H
Prima giornata 23/10/2008
CSKA Mosca-Deportivo La Coruna 3-0 (Dzagoev 9′, 12′, Vágner Love 61′)
Nancy-Lorraine-Feyenoord 3-0 (Zerka 47′, Feret 53′, Helder 84′)
Seconda giornata 06/11/2008
KKS Lech Poznan-Nancy-Lorraine 2-2 (Peszko 5, Malonga 10′, Stilić 22′, Zerka 81′)
Feyenoord-CSKA Mosca 1-3 (Van Bronckhorst aut. 14′, Van Bronckhorst 29′, Vágner Love 40′ e 81′)
Terza giornata 27/11/2008
CSKA Mosca-Lech Poznan 2-1 (31′ Dzagoev, 45′ Zhirkov, 66′ Stilic)
Deportivo La Coruna-Feyenoord 3-0 (29′ Lopo, 50′ aut. Hofland, 51′ Guardado)
Quarta giornata 04/12/2008
KKS Lech Poznan-Deportivo La Coruna 1-1 (Colotto 2′, Rengifo 41′)
Nancy-Lorraine-CSKA Mosca 3-4 (Zerka 5′, Vagner Love 23′, Ramon 33, Vagner Love 62′, Feret 72, Camerling 79, Vagner Love 88′)
Quinta giornata 17/12/2008
Deportivo La Coruna-Nancy Lorraine (Bodipo 74′)
Feyenoord-KKS Lech Poznan 0-1 (Djurdjević 27′)